본 발명은 본 발명은 tetA 유전자를 이용한 이중선별에 의한 대장균의 지놈 엔지니어링 방법에 관한 것으로서, 본 발명의 방법은 지놈 엔지니어링 이후 남게되는 불필요한 염기서열(scar sequence)이 없고 지놈 엔지니어링을 위한 플라스미드의 재조합이 필요 없으므로, 간단하게 대장균의 지놈 내로 이종 유전자를 도입하거나 특정 유전자를 제거하는데 유용하게 응용될 수 있다. 또한, 본 발명의 지놈 엔지니어링 방법은 테트라사이클린 내성 및 니켈염 민감성에 의해 높은 효율로 지놈 엔지니어링된 대장균을 선별할 수 있다.