본 발명은 대장균 지놈 엔지니어링용 플라스미드, 대장균 지놈에 이종 유전자를 통합시키기 위한 통합 플라스미드, 상기 플라스미드로 형질전환된 대장균, 및 상기 플라스미드를 이용한 야생형 대장균의 지놈 엔지니어링 방법에 관한 것으로, 본 발명의 지놈 엔지니어링용 플라스미드는 상이한 대장균 균주로의 이동성(portability)이 높고, 상기 플라스미드로 형질전환된 대장균은 높은 지놈 엔지니어링 효율을 보이며, 엔지니어링 후 잘못-짝지음 수선 시스템(MMR system)의 용이한 회복을 통하여 원치 않는 돌연변이의 발생을 막을 수 있으므로, 여러 합성 생물학 및 대사 엔지니어링 분야에서의 지놈 엔지니어링을 위해 매우 유용하다.