본 발명은 바이오매스 분해시 발생하는 독성 분해 부산물의 탐지를 위한 바이오센서, 및 이를 이용한 독성 분해 부산물의 탐지 방법에 관한 것이다. 더욱 상세하게는 유전자 재조합 기술을 이용하여 바이오매스 분해시 발생하는 독성 분해 부산물에 민감하게 반응하는 yhcN 프로모터와 이에 작동 가능하게 연결된 리포터 유전자를 결합하여 재조합 플라스미드(pDMY1)와 같은 유전자 구조체를 제작하고, 상기 유전자 구조체를 균주에 도입하여 바이오매스 분해시 발생하는 푸르푸랄 (Furfural)을 비롯하여 바닐린, 페룰산, 쿠마릭산 등에 반응하는 바이오센서, 및 이를 이용한 탐지 방법에 대한 것이다. 본 발명의 바이오센서 및 탐지 방법은 실시간으로 간단한 조작을 통해 시료 내 존재하는 푸르푸랄을 비롯한 다양한 목질계 바이오매스의 독성 분해 부산물을 탐지할 수 있다.