본 발명은 새로운 개념의 자성 입자 분리장치에 관한 것으로, 본 발명의 일 측에 따르는 자성 입자 분리장치는, 일정 방향으로 기울어져 평행하게 반복 배열된 복수 개의 어레이가 형성된 미세유체 채널; 상기 미세유체 채널의 일 단부에 형성되는 주입부; 상기 미세유체 채널의 타 단부에 형성되는 제1 배출부 및 제2 배출부; 상기 미세유체 채널의 일 측부에 구비되어 상기 미세유체 채널의 적어도 일부 영역에 자기장을 발생시키는 자기 발생부;를 포함하고, 상기 주입부로 투입된 유체 및 자성 입자가 상기 미세유체 채널 내에서 회전류를 형성하며 자성 입자를 제2 배출부로 배출하는 것이다.