본 발명은, 미생물 배양장치의 사용방법에 관한 것으로서, a) 상기 테스트 채널로는 상기 미생물을 공급하고 한 쌍의 상기 메인채널들로는 상기 미생물을 배양하기 위한 배양액이 포함된 유체를 공급하여 상기 미생물 배양유닛 내에서 미생물을 배양하는 단계; b) 상기 압력조절수단으로 상기 탄성중합체를 가압하여 상기 테스트 채널을 밀폐시키는 단계; c) 상기 미생물 배양장치를 냉장수단에 저장하여 상기 미생물을 비활성화시키는 단계; d) 상기 미생물을 이용한 중금속 실험 시, 상기 냉장수단에서 상기 미생물 배양장치를 꺼내고 상기 미생물을 활성화시키는 단계; 및 e) 상기 미생물을 이용한 중금속 실험을 시행하는 단계를 포함한다.