공통서열을 포함한 참조표준 게놈지도 구축 장치 및 방법이 개시된다. 본 발명은, NGS(next generation sequencing) 단서열 해독, PacBio 긴서열 해독, Illumnina TSLR 긴서열 해독 등의 시퀀싱 및 맵핑 기술을 활용하여 참조표준 게놈지도(reference genome map)를 구축하고, 공통 돌연변이(SNP, indel)들의 정보를 구축된 참조표준 게놈지도에 통합한다. 본 발명에 따르면, NGS(next generation sequencing) 단서열 해독, PacBio 긴서열 해독, Illumnina TSLR 긴서열 해독 등의 3개 이상의 시퀀싱 및 맵핑 기술을 활용하여 참조표준 게놈지도(reference genome map)를 구축함으로써 짧은 시간에 적은 비용으로 참조표준 게놈지도를 조립할 수 있고, 공통 돌연변이(SNP, indel)들의 정보를 구축된 참조표준 게놈지도에 통합함으로써, 게놈 상의 각 포지션에 집단 공통(consensus)의 서열을 보유하도록 적용할 수 있다.