본 발명에 따르면, 원자로 노심(200)에 삽입되면서 중성자를 흡수하여 핵반응을 제어하는 하이브리드 제어봉(100)을 이용하여 핵반응에 의해 가열된 원자로 노심(200)을 냉각시키는 원자로 잔열 제거시스템에 있어서, 내부에는 냉각수(310)가 저장되는 내부공간이 형성되되, 중앙에는 상기 하이브리드 제어봉(100)의 일측이 관통삽입되며 체결되고, 상기 냉각수(310)가 유입되는 유입구(301)와 가열된 냉각수(310)가 배출되는 배출구(302)가 형성된 냉각챔버(300); 및 일정량의 냉각수(310)가 저장되고, 냉각수 공급라인(330)을 통해 상기 유입구(301)와 연결되어 상기 냉각챔버(300)에 저장된 냉각수(310)를 공급하며, 냉각수 회수라인(340)을 통해 상기 배출구(302)와 연결되어 상기 가열된 냉각수(310)를 회수하는 회수구(321)가 형성된 보조냉각 계통(320);을 포함하는 하이브리드 제어봉을 이용한 원자로 잔열 제거시스템을 제공한다.